Begreppet brott mot mänskligheten användes redan 1890 för att beskriva den belgiska kungen Leopold II:s behandling av befolkningen i Kongo. Inom internationell rätt introducerades begreppet i den andra Haagkonventionen 1899 och senare i den fjärde Haagkonventionen 1907, i den så kallade Martensklausulen, benämnd efter Friedrich Martens som var en rysk diplomat och jurist.
Martens ville introducera regler och lagar som skulle skydda civilbefolkningen mot övergrepp från den egna regeringen. Medan det fanns internationella lagar som beskrev hur civilbefolkningen skulle skyddas under krigstid och mot angrepp från främmande makter, fanns det inte några liknande regler som slog fast vad den egna regimen fick och inte fick göra mot det egna landets befolkning. Fram till dess rådde det ganska strikta regler om staters suveränitet, och det allmänna förhållningssättet bland världens stater var att det internationella samfundet (andra länder) inte fick blanda sig in i ett lands inre angelägenheter.
Brott mot mänskligheten handlar alltså om mycket allvarliga övergrepp mot civila. Det kan till exempel vara mord, tortyr, förslavning, sexuellt våld eller tvångsförflyttningar. Det viktiga är att brotten inte är enstaka händelser, utan del av ett större mönster eller en planerad politik.
Begreppets första tydliga internationella användning brukar kopplas till ett gemensamt uttalande från Storbritannien, Frankrike och Ryssland den 24 maj 1915, i samband med de pågående massakrerna på armenier i Osmanska riket.
De tre allierade makterna förklarade att medlemmar av den osmanska regeringen skulle hållas personligen ansvariga för massakrerna. I uttalandet användes uttrycket ”brott mot mänskligheten och civilisationen”, vilket var ett tidigt försök att beskriva övergrepp mot civilbefolkningen som ett internationellt brott.
FN krigsbrottskommission bildades redan i oktober 1943, två år innan själva FN grundades. Kommissionens uppgift var att samla in och granska uppgifter om krigsbrott under andra världskriget. Efterhand utvecklades begreppet ”brott mot mänskligheten” till en egen internationell brottskategori, skild från vanliga krigsbrott.