De första invånarna på de öar som idag ingår i Mikronesiska federationen kom troligtvis från sydöst (möjligen Fijiområdet) för ungefär 4 000 år sedan, men uppgifterna varierar. Ett undantag är delstaten Yap längst i väster som sannolikt befolkades årtusendet före vår tideräknings början av människor från nuvarande Indonesien eller Filippinerna.
Under flera århundraden styrde Yaps hövdingar över alla de omkringliggande öarna. I Yap-riket användes jättelika runda stenblock som betalningsmedel – i traditionella sammanhang betalar man med dessa än idag.
Japansk förvaltning.