Det område som idag utgör Moldavien har sedan stenåldern bebotts av en lång rad folk, bland andra thraker, kelter, goter och hunner. Slaverna kom på 400-talet. Senare blev området en del av det bulgariska riket innan bland andra magyarer och mongoler trängde in.
Området utgjorde kärnlandet i den historiska regionen Bessarabien, som fick sitt namn på 1300-talet och täckte ett område mellan floderna Dnestr och Prut som idag är delat mellan Moldavien och Ukraina. Bessarabien införlivades på 1400-talet med furstendömet Moldova i det nuvarande Rumänien och förblev under flera sekler en del av furstendömet.
På 1500-talet kom området under det osmanska (turkiska) väldet. Turkarna grundade staden Bender (nuvarande Tighina) som är känd för Karl XII:s vistelse där och hans strid mot turkar och tatarer 1713 – den så kallade kalabaliken i Bender.
