Kungariket Shrivijaya på Sumatra utvecklades under 600-talet till en lokal stormakt liksom det javanesiska Majapahit, vilket uppstod i slutet av 1200-talet. Under sina storhetstider kontrollerade dessa kungadömen stora delar av övärlden. När Majapahits makt långsamt försvagades under 1400-talet hade islam, som förts in av arabiska köpmän redan under 1100-1200-talen, hunnit etablera sig på öarna. När sjöfararen Marco Polo på väg tillbaka från Kina 1292 stannade till på norra Sumatra, fann han där en helt muslimsk stad, Perlak. Eftersom handeln mest försiggick längs Sumatras och Javas kuster, var det där som islam först fick fotfäste.
De första européer som etablerade sig var portugiserna, som ville få monopol över kryddhandeln och göra Asien kristet. De slog sig ner på Moluckerna och Timor men drevs efter något halvsekel tillbaka från öarna med undantag för östra Timor, som förblev portugisiskt fram till 1975. Se Östtimors historia >
Från början av 1600-talet lyckades holländare, genom att spela ut de lokala kungarna mot varandra, skaffa sig en rad monopol över handeln med till exempel socker, ris, opium och tyger. 1602 slogs all holländsk affärsverksamhet samman under Holländska ostindiska kompaniet. Girighet, korruption och ökad konkurrens drev dock kompaniet i konkurs 1798. Dess besittningar övertogs av den nederländska (holländska) staten som ville etablera ett kolonialstyre i Indonesien. Planerna försenades av att Napoleon 1811 erövrade Nederländerna och även gjorde anspråk på Java. Nu tog emellertid britterna tillfället i akt att inta Java och utnämna Singapores grundare, sir Thomas Stamford Raffles, till dess guvernör.
När Napoleon slutgiltigt besegrats återfick Nederländerna 1816 Indonesien. Nederländarna mötte dock hårt motstånd från lokalbefolkningen och krig utbröt på olika platser i kolonin. Det så kallade Javakriget 1825-1830 blev den javanesiska aristokratins sista motstånd mot nederländskt styre. Kriget leddes av nationalhjälten Diponegoro och förlorades av javaneserna. På Bali begick en lokal kung och ett tusental av hans undersåtar hellre självmord än att de underkastade sig.
I mitten av 1800-talet utökades det nederländska kolonialväldet till att också innefatta Kalimantan och Sulawesi (Celebes). Papua (Irian Jaya) fick nederländarna kontroll över först efter första världskriget.
Under det nederländska styret innehades alla högre poster av européer, medan den inhemska överklassen placerades på lägre befattningar i administrationen. 1830-1832 infördes "odlingssystemet" som tvingade bönderna att betala höga skatter till kolonialmakten. För att klara skatterna måste bönderna odla lönsamma exportgrödor som kaffe, socker, indigo, te, kryddor och tobak, istället för ris och andra matgrödor. Det ledde till livsmedelsbrist och till att jorden överutnyttjades. Vid slutet av 1800-talet gav odlingssystemet vika för fri företagsamhet, och stora plantager anlades. Nu utvecklades snabbt en exportekonomi. I och med industrialiseringen i väst blev Indonesiens naturgummi och råolja allt viktigare.
1908 bildades Indonesiens första nationalistparti, vilket följdes av ett muslimskt parti och ett kommunistparti: det senare förbjöds dock av holländarna på 1920-talet. 1927 grundade den 26-årige militären Sukarno ett nytt nationalistparti (Partai Nasional Indonesia, PNI). Det upplöstes snabbt av holländarna. Sukarno fängslades och deporterades till en avlägsen ö.
När japanerna under andra världskriget erövrade Indonesien var många indoneser först positiva till ockupationen, som sågs som en befrielse från det hatade nederländska styret. Men japanerna förde en brutal ockupationspolitik; den lokala befolkningen behandlades hänsynslöst och många tvingades gå med i den japanska armén. Genom att indoneserna fick börja arbeta inom statsförvaltningen stärktes dock deras självkänsla. Nationalistledaren Sukarno frigavs. Dessutom blev bahasa indonesia officiellt språk jämsides med japanskan.
Två dagar efter Japans kapitulation utropade Sukarno Indonesiens självständighet den 17 augusti 1945. De allierade valde dock att återlämna landet till Nederländerna. Brittiska styrkor övertog tills vidare kontrollen, och de japanska trupperna beordrades att inte överlämna sina vapen till indoneserna.
Strider utbröt mellan indonesiska nationalister på den ena sidan och holländare och britter på den andra, främst på Java. Britterna drog sig tillbaka 1946, men kriget mot holländarna fortsatte till 1949, då fred uppnåddes genom FN-förhandlingar. I december samma år blev Indonesien självständigt och Indonesiens förenta stater bildades med Sukarno som president. Nederländerna behöll tills vidare Papua (Irian Jaya).
1950 upphävdes den federala författningen. Indonesien blev en unionsstat i enlighet med nationalisternas slagord - "ett land, ett språk, ett folk". En provisorisk författning föreskrev att regeringen skulle vara ansvarig inför ett folkvalt parlament. President Sukarnos maktbefogenheter inskränktes drastiskt. Det parlamentariska systemet ledde dock till ständiga regeringskriser. Samtidigt splittrades Indonesien av militära och muslimska motståndsrörelser. För att ena landet införde Sukarno 1959 ett system han kallade "styrd demokrati". En författning från 1945 med starkt presidentstyre återinfördes. De enda grupperna med politiskt inflytande, utöver presidenten, var armén och kommunistpartiet (Partai Kommunist Indonesia, PKI), vilka Sukarno ömsom sökte stöd hos, ömsom spelade ut mot varandra.
Under 1960-talet räknades Indonesien till de fattigaste länderna i världen. Sukarno struntade i råden från utländska experter och biståndsgivare, samtidigt som han lät uppföra dyra monument och regeringsbyggnader. Omstridda jordreformer genomfördes, där godsägare tvingades ge bort mark till fattiga bönder. Kommunistpartiet fick allt fler väljare.
I utrikespolitiken ville Sukarno liera sig med "de nya krafterna i Kina" mot "den västerländska imperialismen". Sovjetunionen var Indonesiens största biståndsgivare och vapenleverantör, men relationerna med Kina var varmare.
Sukarno såg sig själv som en revolutionär hjälte i kampen mot kolonialismen. 1955 samlade han i Bandung ledare från andra länder som kämpat för sin självständighet. Där utropades en tredje väg mellan kommunismen och kapitalismen. Samtidigt lanserades begreppet "den tredje världen" och den alliansfria rörelsen föddes.
