Vid ett hus i närheten av Johanneskyrkan höll generalguvernör Johan Skytte ett tal på latin som angav riktlinjerna för den svenska universitetspolitiken. Gentemot den livländska adelns krav på exklusivitet klargjorde han att universitetet skulle vara öppet såväl för fattiga bönder som för ridderskapets söner. I själva verket kom ingen av dessa grupper att vara särskilt välrepresenterad bland studenterna. Böndernas undertryckta ställning i Baltikum var fortfarande ett hinder och de fattiga bönderna från Sverige var sällsynta. Bondsöner går dock att hitta bland de akademiserade studentnamnen. Johannes Nicolai Sudermannus var identisk med bondsonen Johan Nilsson från Södermanland. Livlands adel ogillade universitetet som de helt riktigt såg som ett verktyg för att stärka den svenska centralmakten.
Universitetet skulle utbilda trogna statstjänare
Skytte underströk också att den praktiska nyttan skulle sitta i högsätet. Meningen var att utbilda präster, jurister, läkare samt de fria konsternas män. Några metafysiska och teoretiska spekulationer fanns det inte plats för. Universitetet fick egen jurisdiktion (rättsligt självstyre på vissa områden) samt skattefrihet. Gudstjänstordningar och ämbetseder skulle tillämpas. På så sätt inskärptes på ett närmast övertydligt sätt statsmaktens bestämda mål med Dorpats universitet: att utbilda trogna statstjänare enligt svensk modell som i framtiden skulle utgöra Baltikums ledande akademiska och administrativa skikt.
Drygt hälften av de totalt 1 000 inskrivna studenterna de första årtiondena var svenskar (främst från Småland) och finländare, huvudsakligen borgar- och prästsöner. Den baltiska adeln sökte sig hellre utomlands, men mer borgerliga gruppers intresse gjorde att den estniska och livländska andelen uppgick till en tredjedel. Dessutom kom tyska studenter till Dorpat. De flesta lärarna var inledningsvis tyskar och föreläsningarna hölls på latin.
Politiska spänningar bidrog till att störa den akademiska verksamheten ganska rejält. Ryska trupper belägrade både Riga och Dorpat 1656. Riga höll stånd men Dorpat intogs varvid staden och dess omgivningar härjades innan ryssarna drog sig tillbaka. Undervisningen kunde återupptas först 1690.
Provins eller del av Sverige?
Nu sattes svenska professorer i ledningen, ett förhållande som markerar en ny fas av försvenskningspolitikens skiftande konjunkturer.
Frågan var om Livland helt skulle införlivas med Sverige eller bestå som provins. Det första alternativet krävde att svenska lagar tillämpades helt och att livländarna representerades i riksdagen.
Både den baltiska och den svenska adeln föredrog istället provinsalternativet eftersom en långtgående försvenskning hotade deras ställning i Livland. De ville bevara livegenskapen som fortfarande höll nere bönderna, jämfört med den mer självständiga ställning som de svenska bönderna hade. Svenska adelsmän hade successivt köpt gods med privilegier som de inte kunde få i Sverige vilket närmade dem till sina livländska ståndsbröder.
Johan Skytte, liksom sonen Jakob som var universitetets förste rektor, verkade för ett införlivande med Sverige för att stävja adelns makt. Rektorn anklagade adeln för att hålla bönderna okunniga.
Axel Oxenstierna var dock mer skeptisk till ett direkt införlivande. Av taktiska skäl kunde det vara farligt att skapa konflikter med baltadeln mitt under det trettioåriga kriget. Johan Skytte ersattes 1634 som generalguvernör av den högadlige Bengt Oxenstierna, kusin till Axel Oxenstierna, och en första offensiv för införlivande var över.
Försvenskningen av Baltikum får ny kraft
Först under 1690-talet blev frågan aktuell på nytt. Reduktionen, indragningen av adelns gods till kronan, under Karl XI:s envälde, stödd av ämbetsmannaadel, hade brutit godsägaradelns makt vilket nu också fick konsekvenser för provinserna i öst. De allt mer långtgående kraven på indragningar - även av gods som avsöndrats före svensktiden - genomfördes 1688 med maktspråk, under livliga protester från adeln. Hälften av adelsjorden återgick till kronan som därmed blev alltmer intresserad av Livlands närmande till riket.
Den svenska kyrkolagen började gälla från 1690, undervisningen vid universitetet återupptogs, de livländska lantråden (adelsorgan) avskaffades, all officiell korrespondens skulle ske på svenska och i generalguvernör Hastfer fick man en ny nitisk förespråkare för provinsens försvenskning.
Den livländska adelns motstånd stannade inte vid försiktiga invändningar. En protestskrivelse överlämnades 1692, vilket stämplades som uppror. Ledaren, Johan Reinhold Patkul, flydde med en dödsdom efter sig. Han deltog aktivt i kampen mot svenskarna, både på polsk och rysk sida, men utlämnades 1707. På order av den mera sällan hämndlystne Karl XII halshöggs Patkul efter att ha blivit rådbråkad (armar och ben krossades) och kroppen hängdes upp på en stegel vid landsvägen.
