Kanonerna dånade både i huvudstaden och på de danska skeppen under omkring fem månaders belägring. När hösten närmade sig började de sista svenska befästningar som förblivit lojala mot Kristina att ge upp. Hon inledde då förhandlingar med Kristian, och den danske chefsförhandlaren blev Hemming Gadd, en svensk kyrkoman som varit en av sturepartiets viktigaste medlemmar men som bytt sida i dansk fångenskap.
Kristian II intar Stockholm
Kristina och hennes rådgivare trodde ändå att de kunde lita på Gadd. Den 5 september gav man upp kampen i utbyte mot amnesti (allmän benådning) för alla stockholmare - ingen skulle bestraffas för motståndet mot den danske kungen. Kristina betonade att hon överlämnade staden till Kristian och det svenska riksrådet, inte till kungen ensam. Men efter sitt intåg i staden ignorerade kungen rådet. Detta var ett tecken på vad som komma skulle.
Kristian höll sitt intåg i Stockholm, installerade sig på slottet och började regera Sverige. Han bedrev dock ingen jakt på gamla motståndare, så amnestin verkade hålla. Efter knappt två månader, den fjärde november, kröntes han till svensk konung. Festligheterna varade i dagarna tre, som det står i sagorna, men på den fjärde dagen tog sagan slut.
Öga mot öga med Gustav Trolle
Portarna till slottet låstes. Ingen släpptes in eller ut. Istället fördes de förnäma kröningsgästerna till Stora salen, där de ställdes öga mot öga med Gustav Trolle.
Trolle var Sveriges ärkebiskop och hade haft en segdragen konflikt med Kristinas make. Tvisten mellan Sten Sture d.y. och Trolle hade slutat med att ärkebiskopen fängslades och att hans borg jämnades med marken. I den nye kungens närvaro anklagade nu Trolle 16 män och två kvinnor, däribland Kristina, för att vara kättare och för att i och med deras tidigare deltagande i konflikten (mot ärkebiskop Trolle) ha angripit kyrkan.
Kristina kallades fram, och kungen frågade henne varför hennes make förföljt Trolle. Hon tycks först ha tvekat, men styrkt av andra i salen svarade hon att Sten inte gjort något värre än andra (samtliga närvarande vid ett riksdagsmöte i november 1517 hade varit överens om att riva borgen och vägra Trolle stöd, och det framgick också i ett dokument som de alla satt sina sigill under).
Stockholms blodbad
Förmodligen trodde Kristina att hon därmed löst den hotfulla situationen. Många delade ansvaret för vad som skett, och kungen hade ju givit dem alla amnesti. Vad hon inte visste var att Kristian bestämt sig för att se det hela som en kättarprocess. Det gällde därför inte längre brott mot honom utan nu istället mot kyrkan, och han hade ingen rätt att bevilja amnesti för sådant eftersom kyrkan hade sin egen rättsskipning. Därmed kunde han trots allt hämnas på sina politiska fiender.
Dokumentet från mötet tre år tidigare hämtades till salen och lästes upp, och fick mest funktionen av en undertecknad bekännelse. Förhören fortsatte till sent på kvällen, och sedan kom danska riddare och soldater in med bloss och facklor, letade i hopen och förde först iväg biskopar och vissa adelsmän innan övriga delades in i grupper och låstes in i tornet. Förmodligen var det där som Kristina hamnade.
