I ett försök att hindra splittringen sammankallade påven och den tyske kejsaren Karl V ett kyrkomöte i Trident, som med vissa avbrott varade i sjutton år (1545-1563). Mötet ledde inte till någon minskad splittring, men den katolska kyrkans lära avgränsades gentemot andra samfund. Istället för läran om rättfärdiggörelse genom tro betonades t.ex. läran om rättfärdiggörelse genom tro och gärningar. Vidare fastslogs att frälsning sker genom en samverkan mellan Guds nåd och människans fria vilja. Bibeln ska alltid tolkas i enlighet med kyrkans tradition. Den hårt kritiserade avlatshandeln förbjöds också.
En framskjuten roll vid kyrkomötet i Trident spelade jesuitorden. Den hade grundats av Ignatius av Loyola (1491-1556). Jesuitorden kom att inta en betydelsefull position inom katolska kyrkan efter Tridentmötet. Den blev en källa till andlig inspiration inom den katolska kristenheten. Med stor vitalitet utformade den en förnyelse av läran, där den "heliga allmänneliga kyrkan" med påven som överhuvud åter kom att stå i centrum. Samtidigt bibehölls och omformades de humanistiska idealen.
Den militärt organiserade jesuitorden präglades av yttre handlingskraft och inre andlig styrka, en prägel som orden fått genom sin grundare. Ignatius av Loyola var en spansk ädling, som istället för den militära banan valde kampen för kyrkan och påven. Kampen gick ut på att stärka kyrkan inåt och utåt. Inåt gjorde man stora insatser inom utbildningen - jesuitskolor blev ofta föregångare inom undervisningen. Utåt agerade man bl.a. genom mission i icke-kristna länder. Den andliga förnyelse som jesuitorden gick i spetsen för brukar kallas motreformationen.
Evangelisk konfessionalism
Även de evangeliska kyrkorna (protestantismen) påverkades av tidens strävan att hitta den rena och sanna läran. En ren lära var kännetecknet för en sann kyrka.
Vid riksdagen i Augsburg 1530 lade reformatorn Philipp Melanchton fram Confessio Augustana, som var ett, försök att avgränsa den evangeliska läran. Dokumentet kom att gälla som den officiella bekännelsen i det tyska riket och fick också stor betydelse för utformningen av den rätta evangeliska läran i andra länder.
Sverige var under 1600-talet ett typexempel på denna period av renlärighet. Det var ortodoxins tid. Det svenska folkets fromhetsliv fick under denna tid en enhetlig prägel. Detsamma gällde trosbekännelsen. Sverige blev ett protestantiskt land med en stark statskyrka, en prägel som bibehållits ända in i vårt århundrade.
I religionskrigen mellan protestanter och katoliker tog Sverige ställning. Gustav II Adolf uppträdde som ledare för den samlade protestantismen. Detta möjliggjordes inte minst av att Confessio Augustana som uttryck för den "sanna läran" kunde förena protestantiska kyrkor i olika länder.
