Grottmålningar och arkeologiska fynd vittnar om att människor har bott i Sahara i norra Niger i över 40 000 år. Efter hand som öknen har spridit ut sig har invånarna flyttat söderut.
Under 800-talet e Kr grundlades det mäktiga kungariket Kanem, som drog fördel av en gynnsam position vid dåtidens handelsvägar samt av järnutvinning kring Tchadsjön. I slutet av 1000-talet övergick Kanems furste till islam och den nya religionen spreds inom överklassen i städerna. Under 1400-talet rådde inbördeskrig och förfall inom Kanem, men riket reste sig därefter på nytt, nu med Bornu väster om Tchadsjön som centrum. Ättlingar till kungadynastin i Bornu satt på tronen ända fram till 1846.